Сразу после войны

Бывший министр вооружений Альберт Шпеер посчитал, что после капитуляции Германии Фленсбургское правительство должно самораспуститься. Однако Дёниц и другие министры решили продолжить его существование в надежде стать временным правительством послевоенной Германии.
В своей речи о победе британского народа Уинстон Черчилль де-факто признал полномочия Фленсбургского правительства, по крайней мере — до подписания акта о безоговорочной капитуляции, поскольку Черчилль уточнил, что капитуляция была санкционирована «гросс-адмиралом Дёницем, назначенным главой Германского государства». Однако после безоговорочной капитуляции Фленсбургское правительство не было признано Союзниками.
20 мая советское правительство ясно дало понять, что оно думает о Фленсбургском правительстве. Оно обрушилось на администрацию Дёница, называя его «бандой Дёница» и подвергнув резкой критике любые идеи о том, чтобы признать за ним какую-либо юридическую силу.
23 мая 1945 года британский офицер связи отправился в штаб-квартиру Дёница во Фленсбурге и попросил дать ему поговорить со всеми членами правительства. Затем он зачитал им приказ генерала Эйзенхауэра о роспуске Фленсбургского правительства и аресте всех его членов.
Вакуум власти, возникший после ареста Фленсбургского правительства, был устранён 5 июня 1945 года, когда представители союзных держав подписали Декларацию о поражении Германии и учреждении на её территории верховной власти администраций Союзников.
Таким образом, хотя после 5 июня 1945 года Германия продолжила существовать как единая нация, она была поставлена под полный контроль Союзного Военного Оккупационного Правительства.
На начальном этапе оккупации Германии власть осуществлялась всеми четырьмя державами во всех оккупационных зонах через союзный Контрольный Совет, который можно считать непосредственным преемником администрации Дёница как правительства Германии.